از جمله اهداف و طرح هایی که موزه طی سال های متمادی گذشته آنرا دنبال می کرده است و به بسیاری از آنها جامه عمل پوشانده شامل:

—    آگاهی بخشی به جامعه بصورت اعم و ارتباط تنگاتنگ با اساتید، دانشجویان، دانشگاه ها بصورت اخص در زمینه های جانور شناسی، گیاه شناسی، محیط زیست، زمین شناسی
—   ایجاد زمینه های مساعد جهت جذب و جلب جهانگردان و بازدید کنندگان داخلی و خارجی
—   ارتباط با تشکل های غیر دولتی  (NGO) و استفاده از پتانسیل های مادی و معنوی آنها در ترویج توسعه قابلیت های موزه
—   بستر سازی جهت بر پایی نمایشگاه ها  و جشنواره های داخلی و بین المللی بویژه در ایام خاص از سال (روز طبیعت، محیط زیست، روز کودک و...) با استفاده از تشکل های غیر دولتی و سایر سازمان ها
—   برپایی کارگاه های علمی و عملی (Work Shop) توسط اساتید داخلی و خارجی
—   برپایی دوره های آموزشی زیست محیطی، تورهای طبیعت گردی و بازدیدهای علمی
—   چاپ و نشر کتب، جزوات، مجلات و تهیه و توزیع فلیم های آموزشی
—   ایجاد سایت اینترنتی و معرفی امکانات و توانایی های موزه به علاقمندان
—   برگزاری همایش های علمی و زیست محیطی جهت سنین مختلف گروهای دانش آموزی و دانشجویی

از جمله اهداف و طرح هایی که موزه در دست اقدام دارد  :

—  ایجاد سالن خلیج فارس به منظور نگه داری کلیه جانداران خلیج فارس اعم از ماهی ها ، مرجان ها ، نرم تنان و ...

—  ایجاد فضای مرجع برای نگهداری کلیه جانواران ایران به صورت تاکسیدرمی

—  تکمیل بخش حشرات با معرفی گونه ی  ملخ ها ، زنجیره ها ، سنجاقک ها و ... با توجه به اینکه حشرات وسیع ترین رده جانوری در حدود یک میلیون گونه را تشکیل میدهند .

—  ایجاد کامل ترین و بزرگ ترین کتابخانه محیط زیست ، اکولوژی و زمین شناسی  ایران

—     طراحی سالن های نمایشگاهی بصورت سنتی (استفاده از زیستگاه ها) یا مدرن
—     تاسیس بخش تحقیقات گربه سانان بزرگ در ایران خصوصا گونه پلنگ ایرانی
—     تاسیس بخش گیاه شناسی و هرباریوم
—     تاسیس بخش جواهر شناسی
—     تاسیس باغ پروانه ها
—     تاسیس باغ پرندگان
—     تاسیس گلخانه
—     تاسیس پارک ژوراسیک با استفاده از دایناسور های نقش برجسته بر روی دیوارهای پیرامون موزه